Universitas Merdeka Pasuruan merupakan Perguruan Tinggi Swasta berdiri sejak tanggal 29 Januari 1964, yang diselenggarakan oleh Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pusat Pasuruan (YPTMPM) di Pasuruan (Akta Nomor 5.a tanggal 5 Juli 1964). Lembaga pendidikan ini didirikan oleh R. Edwin Soedardji, Soekiman Dahlan, SH., Frasnsiscus Soetrisno, Soegondo, Soetikno, SH., Dharma. Pada tahun 1972 nama YPTMPM diubah menjadi Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pasuruan, yang disingkat YPTM. Menurut badan hukum yang mengelola Universitas Merdeka adalah Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pusat Pasuruan (Akta Nomor 32 tahun 1972). Yayasan Perguruan tinggi Merdeka (YPTM) merupakan Yayasan swasta yang mengemban dua (2) fungsi utama, yaitu :

Fungsi pertahanan ideologi negara. Fungsi ini menuntut YPTM bertindak sebagai lembaga yang ikut serta dalam mempertahankan, mengamankan, mengamalkan Pancasila dan UUD 1945. Fungsi lembaga ilmiah yang melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi.

Dalam rangka mengemban kedua fungsi tersebut, YPTM bersama dengan Universitas Merdeka Pasuruan melakukan berbagai langkah pembenahan. Pada tahun 1983 kembali Yayasan dikukuhkan dengan Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka. Secara historis keberadaan Universitas Merdeka Pasuruan tidak dapat dipisahkan dengan Kodam V Brawijaya. Hubungan YPTM dan Universitas Merdeka Pasuruan dengan KODAM VIII/BRAWIJAYA merupakan bagain dari proses sejarah berdirinya YPTM. Konteks sejarah inilah yang pertama-tama mendasar hubungan antara YPTM dengan KODAM VIII/BRAWIJAYA. Disamping konteks kesejarahan, kesamaan misi dan fungsi yang diemban mendorong kerjasama antara YPTM dengan KODAM VIII/BRAWIAJAYA sama mengemban fungsi memepertahankan, mengamankan, dan mengamalkan Pancasila dan UUD 1945. Universitas Merdeka Pasuruan didirikan sebagai kubu pertahanan ideologi Pancasila, dan UUD tahun 1945. Atas permohonan Pendiri Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pasuruan, Kolone R. Edwin Soedardji kepada Pangkodam VIII/BRAWIJAYA, maka bertepatan dengan HUT Kodam VIII/Brawijaya yang ke XXIII tanggal 17 Desember 1968, Universitas Merdeka dinyatakan berinduk pada Slagorde KODAM VIII/Brawijaya (sekarang KODAM V/Brawijaya) bertindak selaku pembina utama dari Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pasuruan dan Universitas Merdeka Pasuruan sedangkan untuk pelaksanaan tugasnya sehari-hari Universitas Merdeka Pasuruan berada di bawah Pembina harian Komando Resort Militer 083/Bhaladhika Jaya, dalam hal ini Komandan Korem 083/Bhaladika Jaya adalah Ex-officio Pembina Harian Universitas Merdeka Pasuruan. Sejak tahun 1976 pengembangan Unmer Pasuruan terus dilakukan. Pemantapan rencana pengembangan secara sistematis terus dikembangkan mulai tahun 1983 melalui penetapan rencana pengembangan jangka pabjang dengan menyusun Rencan Induk Pengembangan (RIP) sebagai berikut:

Rencana Pengembangan yang diawali dengan : Rencana Induk Pengembangan Tahap I : tahun 1976-1983 Rencana Induk Pengembangan II : tahun 1983-1987, sebagai tindak lanjut atas keberhasilan pengembangan tahap I.
Rencana Induk Pengembangan III : tahun 1987-1991, melalui Surat Keputusan ketua Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pasuruan Nomor : Skep-032/YPTM/VI/1987, tanggal 20 Juni 1987.
Rencana Induk Pengembangan IV : tahun 1993-1997, melalui Surat Keputusan Ketua Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pasuruan Nomor : Skep-99/YPTM/XII/1993, tanggal 28 Desember 1993.
Rencana Pengembangan tahap V : tahun 1998-2006 merupakan tahap pengembang menuju institusi pendidikan yang berkualitas.
Pengembangan tahap VI : tahun 2006-2015, Rencana Pengem ini tertuang dalam Rencana Strategis (RENSTRA) UNIVERSITAS MERDEKA Pasuruan Tahun 2006-2015 yang ditetapkan melalui Keputusan Ketua YPTM No: Kep-01/YPTM/I/2006.

Berkat kerja keras dan keterpaduan semua unsur civitas akademika, baik ditingkat yayasan mupun universitas, maka secara bertahap kemajuan-kemajuan dibidang akademik maupun non akademik atau pembangunan fisik, memperlihatkan hasil nyata melalui peningkatan reputasi Unmer Pasuruan sebagai Perguruan Tinggi Swasta tertua di Jawa Timur, khususnya di Kota Pasuruan. Beberapa prestasi baik di bidang akademik maupun bidang non-akademik terus diukir oleh insan-insan civitas akademika Unmer Pasuruan, yang secara konsisten melakukan pengembangan mutu secara berkelanjutan dengan jargon utamanya menuju The Quality University.